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经过60年的发展，台湾乳业进入稳定发展的成熟期。但是，台湾发展乳业的内外环境不断发生变化，有些变的更加严峻。
（一）面临的挑战
1、国际乳业市场的压力加大
由于欧盟2015年4月1日，取消了实施30年的牛奶配额制度，欧洲大型乳企行业扩大产能，积极通过入股或合资与大陆乳品企业深化合作，期望布局大陆市场，大陆改良乳牛性能及扩大规模饲养已初见成效，而且大陆乳企积极并购或入股国外优质乳品企业，直接掌握大量优质奶源。致使2015年的进口乳品（主要是奶粉）大幅减量，引发全球乳品供需失衡，造成乳价剧烈波动，此波动也势必影响到台湾。
2、国际贸易自由化冲击，畜产品进口竞争加剧
近年来，台湾积极进行区域性自由贸易协定的布局。台湾与新西兰专项液态乳的配额由5500吨，逐步增至10000吨，且于2025取消配额。这样，也造成其他国家的效仿，也积极期待与台湾洽签经合协议，争取同等待遇，逐步增加的关税配额对台湾乳业造成一定程度的冲击。另外，台湾积极争取加入TPP/RCEP,而该区域经济融合协定成员国已将牛肉、羊肉、猪肉及乳制品等市场准入及关税降低列为谈判事项，如完成协议签署，相关产业的国际竞争压力势必再次加剧，利用关税配额保护本土产业和乳品自给率的作用越来越弱。
3、原材料仍依赖进口，生产成本不断升高
台湾养畜所需的玉米、大豆和乳牛所需的优质牧草基本全部依赖进口。国际饲草、饲料市场供需变化和价格变化是台湾左右不了的，过度对进口原材物料的依赖，一是造成乳牛生产成本进一步加大，二是造成供需的不稳定，影响产业发展。
4、气候变化对乳业发展的影响有增无减
气候变化对乳牛饲养、生乳产量影响大的特点不会变，而且台湾高温高湿这种热带、亚热带的气候特征也不会变。台湾气候也在受全球气候变暖的影响，近10年来台湾台风等极端气候发生的频率增加，如白夜温差大，长期高温引发干旱、热浪、强降雨与异常天气，这是台湾乳业发展必须面对的强应激问题。
5、环境保护的压力也在加大
台湾是非常重视环境保护的地区。保护环境，限制或禁止污水、废弃物排放的现行法律有《水污染防治法》和《废弃物清理法》。畜牧废水如欲排放于土壤，应依《水污染防治法》第32条规定处理至符合土壤处理标准及第18条所定的办法，并经直辖市、县（市）主管部门审查核准，发给许可证并报环保署核备，始得排放于土壤。最近修订的《水污染防治法》，对违反者提高罚款10-20倍，该停产的应停工停产，并开始征收水污染防治费。《废弃物清理法》规定：畜牧粪尿各处理阶段废水如以槽车运送至预定地施灌农作，依“农业事业废弃物再利用管理办法”第4条规定，由事业（畜牧场）及再利用机构（耕作农民，果菜生产合作社）提出个案再利用申请，经中央农业主管机关（农委会）许可，即可再利用，由其可见，环境对乳业发展的约束趋紧。
另外，食品安全水平的提升，产品品牌化及产业链的延伸，新兴流通渠道的开发拓展，酪农后继人力的提升等方面的问题也都面临新的挑战。
（二）乳业发展趋势
台湾专家分析预测，未来酪农产业发展基本趋势是：乳牛总存栏量稳定，泌乳牛比例增长，头均乳量提高，乳总量增加。
①乳牛总头数保持在10万头左右，但酪农牧场数减少，但平均饲养规模会扩大到400头左右；
②年总产乳量40万吨，泌乳牛比例45%，每头泌乳牛平均乳量9吨左右；
③物料和劳动力成本增加，获利空间缩小；
④少数受过专业技术教育、培训的技术人员从事牧场管理；
⑤牧场管理将进入精准的、主动的及预防性的管理时代。
未来，在全球乳业形势变化的影响下，台湾乳品关税配额制度，产业政策、流通格局，科研方向等都将发生新的变化。
（三）应对策略
为应对持续面临各种严峻的挑战，台湾农政部门提出积极的应对策略，提出：以强化乳品新鲜在地，优质安全形象为主线，有效区隔进口乳品为目标，从生产效率、食品安全、友善畜牧及环境永续等方面展开，采取五大推动策略。
一是强化产业自主管理，辅导建立可追溯体系，扩大认证验证制度；二是发挥在地生鲜优势，促进地产地销，建立市场区隔进口乳品机制；三是加强食农教育与沟通，结合健康消费趋势，提升消费者对地产乳品的认识水平；四是加速产业结构调整，构建适合台湾生产模式的现代企业，提高资源利用及经营效率；五是培育农业青年人力，建立持续性竞争力。
在制定五大策略的同时，规划短、中、长期产业提升行动方案，并逐步推动落实执行，形成专业分工、现代化、企业化生产体系。提升地产乳品品质，强化产、制、销能力，落实地产地销，开拓产品多样化市场，延伸产业价值链，确保地产乳品的市场占有率。使台湾乳业发展为优质安全与环境共生的可持续发展的产业，成为热带亚热带国家、地区发展乳业的典范。
